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diff --git a/contrib/file/magic/Magdir/bioinformatics b/contrib/file/magic/Magdir/bioinformatics deleted file mode 100644 index 7de08a1..0000000 --- a/contrib/file/magic/Magdir/bioinformatics +++ /dev/null @@ -1,178 +0,0 @@ - -#------------------------------------------------------------------------------ -# $File: bioinformatics,v 1.2 2016/02/14 15:53:53 christos Exp $ -# bioinfomatics: file(1) magic for Bioinfomatics file formats - -############################################################################### -# BGZF (Blocked GNU Zip Format) - gzip compatible, but also indexable -# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml) -############################################################################### -0 string \037\213 ->3 byte &0x04 ->>12 string BC ->>>14 leshort &0x02 Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible) ->>>>16 leshort x \b, block length %d -!:mime application/x-gzip - - -############################################################################### -# Tabix index file -# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml) -############################################################################### -0 string TBI\1 SAMtools TBI (Tabix index format) ->0x04 lelong =1 \b, with %d reference sequence ->0x04 lelong >1 \b, with %d reference sequences ->0x08 lelong &0x10000 \b, using half-closed-half-open coordinates (BED style) ->0x08 lelong ^0x10000 ->>0x08 lelong =0 \b, using closed and one based coordinates (GFF style) ->>0x08 lelong =1 \b, using SAM format ->>0x08 lelong =2 \b, using VCF format ->0x0c lelong x \b, sequence name column: %d ->0x10 lelong x \b, region start column: %d ->0x08 lelong =0 ->>0x14 lelong x \b, region end column: %d ->0x18 byte x \b, comment character: %c ->0x1c lelong x \b, skip line count: %d - - -############################################################################### -# BAM (Binary Sequence Alignment/Map format) -# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) -# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it -############################################################################### -0 string BAM\1 SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map) ->0x04 lelong >0 ->>&0x00 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with SAM header ->>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s ->>&(0x04) lelong >0 \b, with %d reference sequences - - -############################################################################### -# BAI (BAM indexing format) -# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) -############################################################################### -0 string BAI\1 SAMtools BAI (BAM indexing format) ->0x04 lelong >0 \b, with %d reference sequences - - -############################################################################### -# CRAM (Binary Sequence Alignment/Map format) -############################################################################### -0 string CRAM CRAM ->0x04 byte >-1 version %d. ->0x05 byte >-1 \b%d ->0x06 string >\0 (identified as %s) - - -############################################################################### -# BCF (Binary Call Format), version 1 -# used by SAMtools & VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/bcf.pdf) -# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it -############################################################################### -0 string BCF\4 -# length of seqnm data in bytes is positive ->&0x00 lelong >0 -# length of smpl data in bytes is positive ->>&(&-0x04) lelong >0 SAMtools BCF (Binary Call Format) -# length of meta in bytes ->>>&(&-0x04) lelong >0 -# have meta text string ->>>>&0x00 search ##samtoolsVersion= ->>>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s - - -############################################################################### -# BCF (Binary Call Format), version 2.1 -# used by SAMtools (http://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf) -# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it -############################################################################### -0 string BCF\2\1 Binary Call Format (BCF) version 2.1 -# length of header text ->&0x00 lelong >0 -# have header string ->>&0x00 search ##samtoolsVersion= ->>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s - - -############################################################################### -# BCF (Binary Call Format), version 2.2 -# used by SAMtools (http://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf) -# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it -############################################################################### -0 string BCF\2\2 Binary Call Format (BCF) version 2.2 -# length of header text ->&0x00 lelong >0 -# have header string ->>&0x00 search ##samtoolsVersion= ->>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s - -############################################################################### -# VCF (Variant Call Format) -# used by VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/) -############################################################################### -0 search ##fileformat=VCFv Variant Call Format (VCF) ->&0 string x \b version %s - -############################################################################### -# FASTQ -# used by MAQ (http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml) -############################################################################### -# XXX Broken? -# @<seqname> -#0 regex =^@[A-Za-z0-9_.:-]+\?\n -# <seq> -#>&1 regex =^[A-Za-z\n.~]++ -# +[<seqname>] -#>>&1 regex =^[A-Za-z0-9_.:-]*\?\n -# <qual> -#>>>&1 regex =^[!-~\n]+\n FASTQ - -############################################################################### -# FASTA -# used by FASTA (http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_guide.pdf) -############################################################################### -#0 byte 0x3e -# q>0 regex =^[>][!-~\t\ ]+$ -# Amino Acid codes: [A-IK-Z*-]+ -#>>1 regex !=[!-'Jj;:=?@^`|~\\] FASTA -# IUPAC codes/gaps: [ACGTURYKMSWBDHVNX-]+ -# not in IUPAC codes/gaps: [EFIJLOPQZ] -#>>>1 regex !=[EFIJLOPQZefijlopqz] \b, with IUPAC nucleotide codes -#>>>1 regex =^[EFIJLOPQZefijlopqz]+$ \b, with Amino Acid codes - -############################################################################### -# SAM (Sequence Alignment/Map format) -# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) -############################################################################### -# Short-cut version to recognise SAM files with (optional) header at beginning -############################################################################### -0 string @HD\t ->4 search VN: Sequence Alignment/Map (SAM), with header ->>&0 regex [0-9.]+ \b version %s -############################################################################### -# Longer version to recognise SAM alignment lines using (many) regexes -############################################################################### -# SAM Alignment QNAME -0 regex =^[!-?A-~]{1,255}(\t[^\t]+){11} -# SAM Alignment FLAG ->0 regex =^([^\t]+\t){1}[0-9]{1,5}\t -# SAM Alignment RNAME ->>0 regex =^([^\t]+\t){2}\\*|[^*=]*\t -# SAM Alignment POS ->>>0 regex =^([^\t]+\t){3}[0-9]{1,9}\t -# SAM Alignment MAPQ ->>>>0 regex =^([^\t]+\t){4}[0-9]{1,3}\t -# SAM Alignment CIGAR ->>>>>0 regex =\t\\*|([0-9]+[MIDNSHPX=])+)\t -# SAM Alignment RNEXT ->>>>>>0 regex =\t(\\*|=|[!-()+->?-~][!-~]*)\t -# SAM Alignment PNEXT ->>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){7}[0-9]{1,9}\t -# SAM Alignment TLEN ->>>>>>>>0 regex =\t[+-]{0,1}[0-9]{1,9}\t.*\t -# SAM Alignment SEQ ->>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){9}(\\*|[A-Za-z=.]+)\t -# SAM Alignment QUAL ->>>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){10}[!-~]+ Sequence Alignment/Map (SAM) ->>>>>>>>>>>0 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with header ->>>>>>>>>>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s |
